Er entstand 1945 aus der Zwangsfusion der beiden Zagreber Klubs HAŠK und Građanski. Als offizielles Gründungsdatum, das von HAŠK übernommen wurde, gilt der 6.Okt 1903. HAŠK entstand als Studentenverein, während Građanski am 26. April als „Verein aller Gesellschaften“ gegründet wurde. Die Zwangsfusionierung der beiden traditionsreichen Vereine erfolgte am 3.Aug 1945.
Der neue Verein wurde, wie so zahlreiche große Vereine im Osten Europas, Dinamo getauft. Die zu Dinamo Zagreb gehörende blaue Trikotfarbe wurde von Građanski übernommen. Während des 45-jährigen Bestehens des kommunistischen Jugoslawiens galt Dinamo Zagreb als der Verein der Kroaten.
Duelle mit den Rivalen aus Serbien wie Roter Stern oder Partizan Belgrad genossen einen hohen Stellenwert in der Bevölkerung. Schlägereien unter den serbischen und kroatischen Fangruppen waren vor allem in den 1980er-Jahren keine Seltenheit. 1991 wurde der Verein unter Anlehnung an die vom kommunistischen Regime zwangsvereinigten Klubs in HAŠK-Građanski umbenannt, um den aufgezwungenen Namen nicht mehr tragen zu müssen. 1993 erfolgte eine weitere Umbenennung in Croatia Zagreb.
Allerdings konnten sich die Fans mit dem neuen Namen kaum identifizieren, sodass im Jahr 2000 der Verein wieder in Dinamo Zagreb umbenannt wurde. Auch unter dieser Bezeichnung blieb aber die große Konkurrenz zum Erzrivalen Hajduk Split, wobei Dinamo als einziger Klub in der Lage ist, mit Hajduk in Sachen Fanzuspruch und Mannschaftsqualität mitzuhalten - natürlich nur auf die kroatische Liga bezogen. Zur Zeit ist Dinamo Zagreb national gesehen, wieder auf dem aufstrebenden Ast.
Jedoch erreichte man auch dieses Jahr (2007) nicht die Champions Legaue, die unter den Anhängern so herbeigesehnt wird.
Mit Eduardo da Silva und Vedran Ćorluka verließen im Sommer 2007 2 Leistungsträger den Verein. Um jedoch trotzdem international erfolgreich zu sein, wurden die Auslandslegionäre Boško Balaban und Tomo Šokota, sowie der deutsche Torwart Georg Koch geholt. Sehr umstritten ist der Vizepräsident Zdravko Mamić (auch Scheriff von Maksimir genannt). Ihm wird vorgeworfen, den Verein auszunutzen und sich somit finanziell zu bereichern.
Auch seine Transferpolitik ist umstritten. Eduardo da Silva und Ćorluka verließen den Verein, obwohl Mamić vor dieser Saison ausdrücklich betonte, keinen Spieler abgeben zu wollen. Da er jedoch der sportliche Berater da Silvas ist, war das finanzielle Angebot von Arsenal London zu verlockend und er ließ ihn gehn. Da er auch der sportliche Berater Modrićs ist, kann man davon ausgehen, dass der Kapitän zur Winterpause ins Ausland wechselt.

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